El régimen de lluvias es de 600 mm anuales, la época húmeda va desde noviembre a marzo, el resto del año es seco pudiéndose registrar en invierno nevadas o garrotillo (agua nieve).

La atmósfera de Merlo es muy diáfana, esto quiere decir que son pocos los dias nublados, la gran claridad del cielo permite una visibilidad de varios kilometros y obervar gran cantidad de estrellas en el cielo nocturno.

Merlo cuenta con una flora autóctona de gran riqueza, entre las especies más comunes encontramos algarrobos, destacandose el famoso Algarrobo Abuelo o Algarrobo de los Agüero de mas de 800 años de vida, donde los antiguos indígenas realizaban rituales sagrados, espinillos, chañares, molles, quebrachos, tabaquillos (arbol de la especie de los arrayanes, su corteza del color tipico de la canela se desprende simulando ser un pastel mil hojas), higueras, olivares, manzanos, cítricos, rosas, cuaresmillos (frutos típicos de la región similares a duraznos pequeños y que podra disfrutar en alguno de los restaurants de Merlo), y además las hierbas aromáticas y medicinales que abundan en la región por las condiciones óptimas del clima.

También la fauna es variada, se pueden observar zorros, pumas, ciervos, sachacabras, chivos, ovejas, vacas, caballos. La variedad de aves es impresionante contándose aguilas, condores, halcones, lechuzas, cuervos, horneros, jilgueros, copetes, pájaros carpinteros, teros, y las inconfundibles golondrinas que tienen su hogar en la plaza central del pueblo.

Microclima de Merlo San Luis

Una de las características más relevantes es el Microclima Merlino.

El microclima de Merlo por sus características es el tercero a nivel mundial después de los registrados en California en los EEUU de América y Suiza. El Microclima es una serie de factores que se dan en forma conjunta en esta región, y actuan de forma benéfica en el ser humano. El clima de Merlo es bien conocido por profesionales de la salud quienes recomiendan a sus pacientes pasen unos dias por esta localidad para mejorarse y aprovechar sus cualidades benéficas.

Entre los factores que se interrelacionan para formar al microclima se encuentran :

Ozonización

La atmósfera merlina cuenta con proporciones de ozono mas altas que las  normales debido al desintegramiento del granito anfibol (constituido por Uranio y Torio) que se encuentra en las sierras, produciendo un cambio en la composición molecular del oxígeno integrando cada molécula con 3 átomos y generando consecuentemente una cámara hiperbórica natural. Es el olor característico que queda en el aire despues de la luuvia.

Ionización

Es el fenómeno por el cual los átomos se transforman en iones (es decir adquieren o pierden uno o mas electronesy por lo tanto poseen una o mas cargas elementales positivas o negativas) La Villa de Merlo es una de las regiones del mundo que cuenta con mayor porcentaje de ionización negativa lo que produce un efecto energizante y estimulante en el ser humano, haciéndolo sentir bien predispuesto y de buen ánimo.

Oxido Nitroso

Al desintegrarse el granito anfibol cuando se une con la atmósfera, se desprende nitrógeno, que al contacto con el oxígeno produce oxido nitroso, que por vía de inhalación genera sensación de bienestar en las personas)

Radioactividad

La radioactividad muy raramente se da en forma natural y atmósferica. Por un raro privilegio se manifiesta en la atmósfera merlina. Existen en el país más de 400.000 kms de zonas con posibilidades uraníferas y sin embargo solamente en Merlo se dan las condiciones del Microclima.

El 27 de abril de 1974 el Dr. Willen Berken pronunció una conferencia en Buenos Aires en donde ponderaba las condiciones del microclima merlino sintetizando que producen una efectiva longevidad mediante el mejoramiento de la oxigenación del cerebro.

En síntesis estos factores más las condiciones climáticas ideales de temperatura, regimen pluvial, humedad, vientos y la belleza inigualable del paisaje hacen que el famoso microclima merlino sea uno de los mejores del mundo para el funcionamiento del cuerpo humano.